|
|
Motilita leukemických buněk analyzovaná nekoherentním holografickým kvantitativním zobrazováním fáze
Smrčková, Zuzana ; Škarková, Aneta (oponent) ; Zicha, Daniel (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou analýzy motility leukemických buněk. Kvantitativní analýzou motility buněk v tkáňové kultuře při použití časosběrného záznamu lze získat přesný popis vykonávaného pohybu buňky a detekovat odlišnosti v jejich pohybu za různých experimentálních podmínek. První část této práce popisuje jednotlivé způsoby migrace nádorových buněk. Druhá část je věnována metodám analýzy motility buněk v tkáňové kultuře při použití časosběrného záznamu, které zahrnují pořízení snímků a jejich zpracování. Součástí této kapitoly je popsán koherencí řízený holografický mikroskop, který byl v rámci této práce využíván a pro který byla navržena vložka zajišťující přesnou a stabilní polohu jednotlivých komůrek s buňkami. Poslední část je věnována samotnému výzkumu motility leukemických buněk, která je uzavřena diskusí nad získanými výsledky. V příloze je uvedena publikovaná studie s poděkováním autorce této diplomové práce za spoluúčast ve výzkumu.
|
|
|
Automatizovaný bioreaktor pro kultivaci živých buněk
Ukropcová, Iveta ; Tolde, Ondřej (oponent) ; Dostál, Zbyněk (vedoucí práce)
Řízení kultivačních podmínek při mikroskopování živých buněk rozšiřuje možnosti biologických experimentů a zlepšuje jejich výpovědní hodnotu. Aby změny podmínek byly kontrolované a reprodukovatelné, je nutné omezit množství potřebných úkonů vykonávaných uživatelem mikroskopu a nahradit je automatizovanými procedurami. Proto byl vytvořen koncept nového automatizovaného kultivační zařízení (bioreaktoru). Toto zařízení řídí výměnu média v~pozorovací komoře, zajišťuje cirkulaci a výměnu atmosféry a~kontroluje její složení. Bioreaktor je určen pro použití v Laboratoři experimentální biofotoniky. Tato laboratoř disponuje koherencí řízeným holografickým mikroskopem (CCHM), který využívá metody kvantitativního fázového zobrazování (QPI). Bioreaktor je proto přizpůsoben aktuálním požadavkům této laboratoře a jeho optické části vyhovují nárokům metody QPI. V textu jsou specifikovány kultivační podmínky živých buněk a jsou shrnuty možnosti, jak je lze během mikroskopování řídit. Dále jsou popsána vybraná komerčně dostupná zařízení a je zhodnocena jejich vhodnost pro použití v Laboratoři experimentální biofotoniky. Stěžejní část práce se věnuje návrhu, realizaci a testování nového bioreaktoru.
|
|
|
Analysis of Src dynamics in cellular structures
Pelantová, Markéta ; Rösel, Daniel (vedoucí práce) ; Rozbeský, Daniel (oponent)
Src kináza je klíčovým elementem mnoha signálních drah, které ovlivňují buněčné procesy jako diferenciaci, proliferaci, motilitu či migraci. Deregulace její aktivity je spojena s rozvojem rakoviny. Pochopení její funkce v buňce je tedy zásadní. Aktivita Src kinázy přímo koreluje s její konformací; v aktivním stavu zaujímá otevřenou konformaci, ve stavu inaktivním je v uzavřené konformaci, stabilizované intramolekulárními interakcemi. Detekce konformace Src kinázy tak může být použita ke sledování její aktivity. V této práci byl vylepšen biosenzor, detekující změnu konformace Src kinázy a založený na metodě FRET, a to použitím mNeonGreenu jako nového akceptorového fluoroforu v již existujícím designu. Vlastnosti nového senzoru byly porovnány se senzorem původním. Nový senzor je schopen detekovat konformační změny Src kinázy a lze ho stabilně exprimovat v buňkách. Analýza aktivity Src kinázy ve fokálních adhezích potvrdila zvýšenou aktivitu Src v těchto strukturách. Ačkoli nový biosenzor v porovnání s původním nevykazuje vyšší citlivost ke konfromačním změnám Src, stále se jedná o validní a užitečný nástroj pro studium aktivity Src kinázy, který je díky vyššímu jasu mNeonGreenu vhodnější pro mikroskopické experimenty. Klíčová slova: Src, FRET, biosenzor, mikroskopie živých buněk, mNeonGreen
|
|
|
Motilita leukemických buněk analyzovaná nekoherentním holografickým kvantitativním zobrazováním fáze
Smrčková, Zuzana ; Škarková, Aneta (oponent) ; Zicha, Daniel (vedoucí práce)
Tato diplomová práce se zabývá problematikou analýzy motility leukemických buněk. Kvantitativní analýzou motility buněk v tkáňové kultuře při použití časosběrného záznamu lze získat přesný popis vykonávaného pohybu buňky a detekovat odlišnosti v jejich pohybu za různých experimentálních podmínek. První část této práce popisuje jednotlivé způsoby migrace nádorových buněk. Druhá část je věnována metodám analýzy motility buněk v tkáňové kultuře při použití časosběrného záznamu, které zahrnují pořízení snímků a jejich zpracování. Součástí této kapitoly je popsán koherencí řízený holografický mikroskop, který byl v rámci této práce využíván a pro který byla navržena vložka zajišťující přesnou a stabilní polohu jednotlivých komůrek s buňkami. Poslední část je věnována samotnému výzkumu motility leukemických buněk, která je uzavřena diskusí nad získanými výsledky. V příloze je uvedena publikovaná studie s poděkováním autorce této diplomové práce za spoluúčast ve výzkumu.
|
|
|
Automatizovaný bioreaktor pro kultivaci živých buněk
Ukropcová, Iveta ; Tolde, Ondřej (oponent) ; Dostál, Zbyněk (vedoucí práce)
Řízení kultivačních podmínek při mikroskopování živých buněk rozšiřuje možnosti biologických experimentů a zlepšuje jejich výpovědní hodnotu. Aby změny podmínek byly kontrolované a reprodukovatelné, je nutné omezit množství potřebných úkonů vykonávaných uživatelem mikroskopu a nahradit je automatizovanými procedurami. Proto byl vytvořen koncept nového automatizovaného kultivační zařízení (bioreaktoru). Toto zařízení řídí výměnu média v~pozorovací komoře, zajišťuje cirkulaci a výměnu atmosféry a~kontroluje její složení. Bioreaktor je určen pro použití v Laboratoři experimentální biofotoniky. Tato laboratoř disponuje koherencí řízeným holografickým mikroskopem (CCHM), který využívá metody kvantitativního fázového zobrazování (QPI). Bioreaktor je proto přizpůsoben aktuálním požadavkům této laboratoře a jeho optické části vyhovují nárokům metody QPI. V textu jsou specifikovány kultivační podmínky živých buněk a jsou shrnuty možnosti, jak je lze během mikroskopování řídit. Dále jsou popsána vybraná komerčně dostupná zařízení a je zhodnocena jejich vhodnost pro použití v Laboratoři experimentální biofotoniky. Stěžejní část práce se věnuje návrhu, realizaci a testování nového bioreaktoru.
|
host ::
RSS.